В центре событий аниме «Макен-Ки!» находится старшеклассник Такэру Ояма, который после трёх лет учёбы в мужском интернате переводится в академию «Солнечная», недавно ставшую совместной для мальчиков и девочек. Парень надеется, что здесь перед ним откроется дивный мир представительниц прекрасного пола, и он сумеет с кем-нибудь познакомиться. Однако вскоре выясняется, что на самом деле это школа магии и боевых искусств, а ученики здесь обладают магическими способностями и сражаются с помощью специального оружия, называемого «макэн». Для оттачивания своих навыков девушки проводят между собой боевые соревнования.
Так или иначе, Такэру предстоит продолжить обучение в академии. Здесь он встречает свою подругу детства Харуко Амаю, которая учится на год старше него, но посещает вместе с ним карате-клуб. Также он знакомится с некоторыми другими девушками, которые сразу же им заинтересовываются, и присоединяется к школьному клубу безопасности «Макэн-ки», чтобы защитить своих друзей и школу от внешних угроз. Со временем у него тоже проявляются магические способности, которые он учится контролировать в процессе обучения, и добивается того, чтобы получить свой «макэн». Вместе с новыми подругами он сражается с различными противниками и раскрывает тайны академии.
