В фильме «Пила 3» доктор садистских наук продолжает свои эксперименты. Джону Крамеру и его верной помощнице Аманде удалось ускользнуть из рук полиции. И всё же Крамер не может чувствовать себя свободным. Смертельное заболевание сильно ограничило его возможности и время. Для поддержания здоровья Крамера сообщники похитили врача Линн Денлон. С помощью хитро устроенной ловушки её жизнь теперь неразрывно связана с жизнью кошмарного пациента.
При этом Джон и Аманда не сидят без дела. Они похищают несчастного отца, потерявшего сына. Джефф мечтает отомстить за смерть ребёнка, и Крамер предоставляет ему такую возможность. Но естественно не всё так просто. В душе Джеффа жажда возмездия сталкивается с состраданием к виновникам его бед. Ведь наказание слишком сурово даже для них.