Главные герои фильма "Стюарт Литтл", мистер и миссис Литтл — любящая пара из Нью-Йорка, которая всегда хотела еще одного брата для своего маленького сына Джорджа. Таким образом, они отправляются в приют и, к своему большому удивлению, обнаруживают, что их больше всего привлекает Стюарт, маленькая говорящая мышь. К сожалению, Джордж недоволен, когда обнаруживает, что новый брат, которого привезли домой его родители, — грызун, но Литтлы делают все возможное, чтобы Стюарт чувствовал себя максимально комфортно. Конечно, это означает, что домашний кот Снежок не съест нового члена семьи. Пока Снежок пытается сохранить присутствие Стюарта в секрете от своего приятеля Монти, мышь и Джордж вскоре становятся друзьями.
Малыш знакомится со своей большой семьей, включая дядю Креншоу, бабушку Эстель и кузена Эдгар. Несмотря на это, Литтлы понимают, что Стюарт чего-то упускает в своей жизни, и поэтому возвращаются в приют, где спрашивают миссис Кипер о настоящей семье Стюарта. Вскоре после этого появляются мистер и миссис Стаут, утверждающие, что они родители Стюарта, и возвращают его в свой летний дом с видом на фервей поля для миниатюрного гольфа. Вскоре Стауты отправляют Стюарта обратно через город и через Центральный Парк. Ему приходится сразиться с Монти и несколькими наемными уличными котами, Смоки, Счастливчиком и Рэдом. Тем временем Литтлы отправляют свои поисковые группы, чтобы вернуть его домой.
