Действия фильма "Годзилла" начинаются в 1999 году. Ученые из организации "Монарх", Исиро Серидзава и Вивьен Грэм, исследуют две гигантские споры, обнаруженные на Филиппинах. В то же время - на атомной электростанции в Японии, под руководством американца Джо Броди, полностью разрушен резервуар в результате, на первый взгляд, сейсмической активности. Эта «несчастный случай» в конечном итоге уносит жизнь жены Броуди, Сандры, техника завода. Пятнадцать лет спустя Джо Броуди, все еще ищущий ответы о том, что на самом деле произошло в тот день, арестован за вторжение на территорию возле разрушенного завода, которая до сих пор является карантинной зоной. Сын Броуди, Форд, офицер ВМС США, оставляет свою жену Элли и сына Сэма, и летит из Сан-Франциско в Японию, чтобы вызволить своего отца из тюрьмы. Он оказывается втянутым в ситуацию, в которой не ожидал очутиться.
Как выяснилось, много лет назад электростанцию разрушила не только сейсмическая активность. Это был гигантский монстр, спящий под землей и питающийся ядерной энергией. Без предупреждения этот монстр, которого власти называют МУНО (массивный уникальный наземный организм), просыпается, нанося еще больший ущерб местности, прежде чем отправиться в море. Более того, есть свидетельства того, что еще один МУНО может действовать в пустыне Невады. И, пока ВМС США под командованием адмирала Уильяма Стенца, консультируются с учеными "Монарха", чтобы определить лучший курс действий, прибывает еще одно гигантское существо. На сцену выходит могучий Годзилла, который, возможно, единственный способен победить захватчиков МУНО.