Фильм «Таинственная река» начинается с того, как трое друзей из Бостона — проводят время вместе. В одной из сцен, играя на улице, Дейв становится жертвой похищения и сексуального насилия. Событие глубоко травмирует его и разрушает их дружбу, после чего он замыкается в себе, а Шон и Джимми идут разными путями.
Проходит почти 30 лет. Шон стал детективом полиции, Джимми — владельцем магазина и криминальным авторитетом, а Дейв пытается наладить жизнь, но остается психологически травмированным. Их судьбы пересекаются вновь, когда дочь одного из парней, Кэти, оказывается убитой. Шон берется за расследование убийства, а Джимми, глубоко потрясенный смертью дочери, решает сам найти убийцу.