Черепашки-ниндзя: Истории

Действия мультфильма происходят через некоторое время после событий, описанных в фильме, и фокусируется на жизни четырёх черепах-самураев. Одной из основных угроз для черепашек становится доктор Бишоп, суперзлодей, который намерен уничтожить всех мутантов. Он возглавляет армию высокотехнологичных роботов, что делает его серьёзным противником.

Черепашкам приходится вступить в бой с его силами, однако первая схватка оборачивается для них поражением. С этим разворачивается ещё одна сюжетная линия, связанная с другим коллективом мутантов, которые живут в Ист-Ривер и обладают способностями, связанными с водной стихией.