Сюжет мистической дорамы «Загадочный класс» развивается в закрытой школе для мальчиков. В стенах учебного заведения не происходило ничего странного, пока однажды во время переклички учитель не обнаружил, что учеников стало на одного больше. Подростки удивлены случившимся не меньше педагога, ведь они не видели новенького одноклассника. Вскоре после этого с любопытным преподавателем происходит несчастный случай, и он вынужден на несколько недель покинуть школу. Между тем, странности продолжаются: стены класса покрываются инеем, в окно врезается ворон, а в соседнем кабинете находят таинственный портрет. Как связано происходящее с невидимым учеником?